1、按國際租稅慣例，間接投資大陸的臺商原不得適用兩岸租稅協議
租稅協定（議）係適用於締約一方的居住者，而依多數國家稅法規定，公司係以設立登記地或管理處所所在地認定其居住者身分。由於我國現行所得稅法僅以設立登記地認定公司居住者身分，臺商經由第三地區公司間接投資大陸取得大陸來源所得，其所得人為第三地區公司，非屬我國居住者，不得享有本協議利益。
2、臺商間接對大陸投資所經由的第三地區公司，其實際管理處所在臺灣並依臺灣稅法繳納所得稅者，可認定為臺灣居住者適用兩岸租稅協議
為因應外界將間接投資大陸的臺商納入本協議適用對象的期待，經臺、陸雙方多次溝通，於兩岸租稅協議中增訂以實際管理處所認定公司居住者身分規定。換言之，臺商間接對大陸投資所經由的第三地區公司檢具相關事證，經臺灣稅捐機關依兩岸租稅協議認定其實際管理處所在臺灣，且依所得稅法及兩岸關係條例第24條規定繳納所得稅致產生重複課稅者，即可認定為我方居住者，享有兩岸租稅協議提供的減免稅優惠。屆時91年6月30日以前因政府法令限制僅得經由第三地區公司間接投資大陸的臺商，或基於商業理由間接投資大陸地區的臺商，均可納入本協議的適用對象，享有減免稅利益。