海峽兩岸經濟合作架構協議（ECFA）第6條「經濟合作」明定「海關合作」為合作事項之一，爰雙方於ECFA兩岸經濟合作委員會下成立海關合作工作小組，負責推動海關合作事宜，於工作小組會議中，雙方海關達成應簽署協議以推動合作事項之共識。自100年10月第七次江陳會談後，雙方海關啟動「海峽兩岸海關合作協議」之磋商程序，並順利於101年8月9日第八次江陳會談中完成該協議之簽署，於102年2月1日生效。

本協議係參考國際間簽署之關務互助協定，並考量雙方海關有關規定及兩岸經貿往來情形，依兩岸特性納入實質合作項目，包含5章共17條條文，將雙方海關規定之相互通報、進口貨物關稅核估之資訊協助、查緝走私、優質企業（AEO）相互承認、應用無線射頻識別技術方法（RFID）於海關監管、海關保稅區管理方面之交流、建置ECFA貨品貿易海關電子資訊交換系統、海關貿易統計合作及人員互訪、交流等實質項目正式納入兩岸合作項目。協議簽署後，兩岸海關將執行各具體合作事項，並成立工作小組推動，將可提高兩岸貨物通關效率，並有效打擊非法貿易，達到促進兩岸貿易便捷與安全之目的