財政部組織，在民國初期，係規定於中央政府組織大綱部分條文中，迨至14年7月，始有「國民政府財政部組織法」之獨立組織法規。規定財政部直隸於國民政府，管理國民政府財務行政，處理政府預算決算及監督所轄各機關。15年增設鹽務總處、稅務總處、緝私衛商管理委員會。

16年8月修正組織法，規定職掌為管轄各省區稅務、國庫、公債、錢幣、會計、出納暨其他一切財政，並監督所轄各機關及公共團體之財政。

17年5月，第3次修正組織法，增設總務處。其後錢幣司曾一度改為金融監理局。10月，公布「中華民國國民政府組織法」，國民政府改組，成立五院， 財政部改隸屬行政院，管理全國財務行政事務。12月，制定公布「財政部組織法」，設關務、鹽務2署，總務、賦稅、公債、錢幣、國庫、會計6司，菸酒稅、印 花稅、捲菸煤油稅3處，裁撤禁煙處。

18年5月，第1次修正財政部組織法，將原捲菸煤油稅處，以煤油稅歸海關徵收，乃改稱捲菸統稅處。

20年2月，第2次修正財政部組織法，將常任次長職稱修正為常務次長。

25年7月，第3次修正財政部組織法，將原鹽務署改稱鹽政司，會計司改稱會計處，財政部設關務、稅務2署，總務、鹽政、賦稅、公債、國庫、錢幣6司及會計處。

29年3月，第4次修正財政部組織法，改國庫司為署，改直接稅事務處為直接稅處。

30年11月，第5次修正財政部組織法，改統計主任為統計長，並增置編譯若干人。

32年3月，第6次修正財政部組織法，改設國庫、直接稅、關務、稅務、緝私等5署，錢幣、公債、鹽政、專賣事業、地方財政、總務等六司，人事、會計、統計3處。

行憲後，財政部組織仍沿前制，自32年至70年間，組織法並末經立法正式修正。

70年2月，第7次修正財政部組織法，明定內部設關政、金融、總務等3司，秘書室，人事、會計、統計等3處及法規委員會等單位。

80年5月，第8次修正財政部組織法，將金融司改制為部屬機關金融局，為部屬行政機關，並將金融司保險科改設部內單位保險司。

93年7月1日，行政院金融監督管理委員會組織法施行，該會於同日正式成立，原財政部保險司、財政部金融局、財政部證券暨期貨管理委員會改隸行政院 金融監督管理委員會，分別為金融監督管理委員會保險局、金融監督管理委員會銀行局、金融監督管理委員會證券期貨局；另中央存款保險公司配合股權移轉，自 100年1月１日起改隸行政院金融監督管理委員會。

102年1月1日，配合行政院組織調整，第九次修正財政部組織法，財政部及所屬三級機關組織法（通則）奉　總統101年2月3日公布制定（修正）， 並經行政院定於102年1月1日施行，財政部主管全國財政，職司國庫及支付業務、賦稅、關務、國有財產、財政資訊、促進民間參與公共建設、所屬財政人員訓 練機構之督導等業務。