財政部南區國稅局表示，依所得稅法第24條之5規定，營利事業於計算適用房地合一稅2.0之土地交易所得時，應以收入減除相關成本、費用或損失後之餘額為所得，再減除土地漲價總數額後之餘額為課稅所得額，但土地漲價總數額未自該土地交易所得減除部分所繳納之土地增值稅額，則可列為成本費用。

該局進一步說明，為防止納稅義務人利用土地增值稅與所得稅之稅率差異來規避稅負，營利事業依規定計算土地交易課稅所得額時，得減除之土地漲價總數額，必須是依土地稅法第30條第1項規定之「公告土地現值」減除前次移轉現值所計算之土地漲價總數額。另房地合一課徵所得稅申報作業要點第21點規定，交易所得減除土地漲價總數額後之餘額為負數者，以零計算。

該局舉例說明，甲公司於112年10月1日以1,650萬購入A土地（公告土地現值1,600萬元），該土地於114年7月1日以2,000萬元出售(公告土地現值為1,700萬元)，甲公司於土地增值稅申報時，係按出售價款2,000萬元申報移轉現值，並繳納土地增值稅80萬元。甲公司在辦理114年度營利事業所得稅結算申報時，列報土地交易所得350萬元，減除土地漲價總數額400萬元，申報課稅所得額0元。嗣經該局查得該土地當年度移轉時公告土地現值為1,700萬元，乃重行核定該筆土地可減除的土地漲總數額為100萬元，並調增成本費用60萬元，核定該筆土地交易課稅所得為190萬元。(計算詳附表)

該局特別提醒，營利事業出售適用房地合一稅之土地，於計算交易所得時，應特別留意得減除之土地漲價總數額上限與計算規定，以免因不符規定而遭調整補稅。

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