近期有民眾在社群媒體網站反映，EZ WAY APP無法線上繳納進口稅費，只能由物流業者代收，每筆需新臺幣(下同)30元手續費，根本就是圖利廠商一節，關務署表示，因進口快遞貨物具有大量、金額小及即時通關需要等特性，為避免民眾無法即時收到稅單繳納而延遲貨物放行，故完稅價格5萬元以下進口快遞貨物，均由快遞業者先行代繳，並由快遞業者於送貨時持稅費繳納證明向進口人收回代繳稅費，部分業者會向進口人收取手續費，即使未來增加APP線上支付功能，金融機構亦將收取手續費，故尚無所稱APP無線上支付功能，致有圖利物流業情事。
    另民眾反映，進口稅費繳納方式不先進，只能至特定幾家銀行繳款，且沒辦法在超商繳納一節，關務署說明，現行一般進口貨物繳稅，可由進口人持稅單至金融機構辦理轉帳匯款繳納進口稅費，惟部分非公營行庫可能基於營業成本考量不提供代收稅費服務；至於進口稅費沒辦法在超商繳納，海關曾邀集超商討論進口稅費繳納事宜，惟業者表示須3至5個工作天始能將代收稅款轉入海關帳戶，因未符進口貨物即時完稅放行需求，無法執行。
    關務署已規劃於EZ WAY APP新增稅費查詢及線上支付稅費功能，將儘速於本年2月底前完成測試後上線。民眾未來可透過APP直接查詢快遞業者代繳進口稅費明細，並可透過APP自行設定活儲帳戶，線上支付快遞業者先行代繳稅費。

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