受款人或執票人喪失國庫支票時，辦理掛失止付手續如下：
- 未逾發票日期1年者：填具票據掛失止付通知書及遺失票據申報書，向國庫經辦行辦理掛失止付手續。國庫經辦行於查明支票尚未兌付及辦妥掛失止付後，備文檢附票據掛失止付通知書影本送國庫署備查。
- 逾發票日期1年且未繳庫者：填具國庫支票掛失止付申請書，覓具經認可之保證人簽章，並檢附申請人及保證人身分證明文件，向國庫署申請掛失止付。受款人或執票人為政府機關或公營事業機構申請掛失止付時，得免具保證，但應在國庫支票掛失止付申請書註明「如有糾紛由本機關（構）負責處理」字樣，並加蓋機關印信，必要時得由其上級主管機關備函證明。
- 另喪失之國庫支票，其票面註銷「禁止背書轉讓」標識者，申請掛失止付時，應向法院聲請辦理公示催告程序。