總預算是每一年度辦理的常態性預算，無法因應國家緊急重大災變或政事，因此，政府可透過「特別預算」的方式支應，根據預算法第83條，有下列情事之一時，行政院得於年度總預算外，提出特別預算：
➊國防緊急設施或戰爭
➋國家經濟重大變故
➌重大災變
➍不定期或數年一次之重大政事

蔡總統任內為了因應肺炎防治及紓困振興、國家重要基礎建設及提升國防安全，編列前瞻基礎建設、新式戰機採購、海空戰力提升、嚴重特殊傳染性肺炎及疫後強化經濟等特別預算，編列特別預算並非近年才有，過去，陳前總統及馬前總統也有編列特別預算的案例，例如：2003-2004年因應SARS防治及紓困編列特別預算、2009年因應全球金融海嘯編列振興經濟消費券發放特別預算，2009-2011年為提振經濟編列振興經濟擴大公共建設計畫特別預算等，相關經費大多以舉債支應。

一年一審的常態性總預算，搭配因應國家緊急重大政事災變的特別預算，讓政府推動各項政策有更多的彈性，而特別預算跟總預算一樣，都要受立法院及審計機關監督，也一樣要納入長期債務控管。

特別預算與總預算均受立法院及審計機關監督！

特別預算是依預算法及各特別條例規定，因應國家遭遇特殊事故或推動重大政事而編列，由各業務機關評估執行的必要性及急迫性，並就各委員黨團所提預算提案處理，程序上與總預算相同，經行政院核定後送請立法院審議，經立法院審議通過、總統公布後才能執行，並受立法院及審計機關審核監督，一切遵守法定預算程序。

特別預算與總預算舉債均納入債限控管！

各特別預算與總預算相同，均依公共債務法及財政紀律法規定，舉債全數納入計算長期債務，控管債務存量（債務未償餘額占前3年度GDP平均數之40.6）。

特別預算採分年或分期編列，且實際未必全借！

各特別預算依計畫多採分年或分期編列，外界所稱「特別預算舉債逾2兆元？」，其實是將前瞻、戰機、肺炎及海空等特別預算分散在各年度的債務舉借預算數一併計算，實際上預算編列非全數一次舉債，不會立即影響債務。

另外，原編列的舉債實際上也不一定會全數舉借！預算執行過程，可能因歲入歲出執行良好而不舉債，例如中央政府2018年至2023年總預算；也有可能因歲計賸餘足以支應特別預算融資財源，而不需要舉債，例如疫後強化經濟特別預算因2022年總決算後確定累計歲計賸餘足以支應，原編列舉債預算數1,998.8億元完全不舉借。