為便利受款商民即時核銷帳務，提升優質庫款支付服務，國庫署提供下列對帳服務：
- 電子郵件或傳真對帳服務：將庫款支付對帳資料以電子郵件或傳真等方式提供受款商民，便利受款商民即時核銷帳務。
- 網站對帳服務：受款商民可運用工商憑證、自然人憑證或健保卡（須先至中央健康保險署網站註冊並設定註冊密碼），至國庫署網站「受款商民對帳專區」查詢庫款支付對帳資料，據以核銷帳務。
- 匯款附言欄對帳服務：辦理庫款撥匯作業時，將支用機關付款憑單支出用途資料轉置於匯款附言欄，受款商民收到國庫匯入款項時，即可同步自金融機構取得庫款支付對帳資料，快速核銷帳務。